Построена из белого камня в 1570-е гг.-1604 гг. на месте деревянной церкви, возведенной при основании города в 1551 г. Первоначальный храм упоминается в летописных источниках XVI в.
До 1764 г. церковь относилась к мужскому Троице-Сергиеву монастырю, после его закрытия обращена в приходскую. С1795 г. вошла в комплекс женского Иоанно-Продтеченскосо монастыря, в этот период были произведены перестройки.
Храм расположен на втором этаже. При входе в него на стене (прежде наружной) сохранилась фреска "Троица". Первый этаж занимали служебные и хозяйственные помещения.
С 2006 г. ведутся работы по комплексной реставрации церкви, инвестор - ОАО Банк-Зенит».
Реставрация выполнена при содействии Республиканского Фонда возрождения памятников истории и культуры Республики Татарстан.
